Mini Cooper miał swój debiut w 1959 roku, choć wówczas nazywało się inaczej (Morris lub Austin). Pod obecną nazwą zaczęto go sprzedawać dwa lata później. Mini Cooper z miejsca stał się hitem na brytyjskim rynku motoryzacyjnym, ponieważ był to samochód małolitrażowy (co w dobie kryzysu sueskiego, wysokich cen paliwa i groźby jego reglamentowania miało kolosalne znaczenie dla przeciętnych użytkowników aut), a przy tym wydajny. Mały, oszczędny, ale wygodny samochód chciał mieć każdy.

Mini Cooper został wymyślony przez Aleca Issigonisa. Ten inżynier i projektant zainteresował swoim pomysłem szefa motoryzacyjnej firmy British Motor Corporation Leonarda Lorda. Prototyp przedstawiony przez Issigonisa został ochrzczony mianem "Pomarańczowego Pudełka" (w oryginalne Orange Box) - od koloru pierwszej wersji, ale roboczo nazwano go Mini.

Mini Cooper zyskał uznanie całego świata. Kilka lat po zainicjowaniu produkcji fabryki Mini Coopera powstały w Hiszpanii, RPA, Australii, Chile, we Włoszech. W 1967 roku pojawiła się druga wersja Mini Coopera nosząca oznaczenie MkII. W tym okresie powstały nowe wersje nadwozia: Mini Cooper Clubman, Van, Traveller, pick-up i kilka innych. W późniejszych latach opracowano nowe wersje MkIII, MkIV oraz MkV.

Na początku lat 90. XX w. BMC wpadło w tarapaty finansowe i było zmuszone sprzedać markę Mini Cooper, którą kupił koncern BMW. Siedem lat później Bawarczycy zaprezentowali całkiem nowego Mini Coopera zwanego teraz MINI. Nazwa z jednej strony świadczy o o czymś nowym, ale z drugiej nawiązuje genezą do brytyjskiego modelu.

W 2003 roku na rynku pojawiła się kolejna wersja - Cabrio Mini Cooper, która rozszerzyła paletę nadwozi.